Isabelle Filliozat est la fille du psychologue Rémy Filliozat, cofondateur de l'Institut français d'analyse transactionnelle et d'Anne-Marie Filliozat-Cosson, psychologue et psychanalyste qui a travaillé à l'hôpital Necker auprès d'enfants atteints de mucoviscidose. Ses parents ont développé en 1980 le stage de formation « Je dis non à la maladie, je dis oui à ses messages » et créé la formation de conseiller en santé holistique.
Isabelle Filliozat se marie avec Jean Bernard Fried, le couple a deux enfants.
? [portrait] Zineb Dryef, « Isabelle Filliozat, le bon filon de l'éducation positive », Le Monde, (lire en ligne, consulté le ).