Thierry Jonquet a une enfance marquée par le cinéma. Il fait ses études secondaires au lycée Charlemagne à Paris, puis étudie la philosophie à l'université de Créteil et, plus tard, l'ergothérapie. Il travaille ainsi en gériatrie.

Devant le spectacle de la mort omniprésente, il commence à écrire pour raconter l'horreur et pour rendre hommage à un pensionnaire avec qui il s'était lié d'amitié. Lassé de l'environnement hospitalier, il brigue un poste d'instituteur. Il est d'abord affecté dans un centre de neuropsychiatrie infantile, à Montesson. Puis, à l'obtention de son CAP, est nommé à la Cité des 3000 d'Aulnay-sous-Bois dans une section d'éducation spécialisée.

Tous ces métiers, qui l'ont mis en contact avec les « éclopés de la vie », « lui (ont) permis de découvrir le monde des vieillards oubliés, des handicapés, des délinquants, tableau complet de la défaillance de nos sociétés ». Lorsque Thierry Jonquet découvre assez tardivement les romans de la Série noire, il peut faire le lien entre la violence du réel et la violence littéraire. Il publie son premier roman, Mémoire en cage, en 1982.

Si les romans sont de pures fictions où il réinvente la réalité, il puise dans les faits divers, en revendiquant une totale liberté. Son roman Moloch lui vaut ainsi un procès. Bien que ses romans mettent en scène une société malade qui engendre la violence, la haine, le désir de vengeance, Thierry Jonquet refuse de porter l'étiquette d'auteur engagé. Même s'il ne cache pas qu'il est un homme de gauche, ses convictions ne s'expriment que très discrètement dans son ?uvre. Thierry Jonquet mène de front deux activités distinctes ? celle de scénariste et celle de romancier. Les personnages de son roman Les Orpailleurs ont donné naissance à une série télévisée, Boulevard du Palais. Il est aujourd'hui reconnu comme l'un des grands auteurs de romans noirs et ses livres sont autant de réussites de construction, d'angoisse et d'intelligence narrative.

Son roman Ils sont votre épouvante et vous êtes leur crainte est adapté par Emmanuel Carrère pour la télévision sous le titre Fracture en 2010, pour un téléfilm réalisé par Alain Tasma.

Mygale est adapté en 2011 au cinéma par le réalisateur espagnol Pedro Almodóvar, sous le titre La piel que habito.

Il raconte son engagement militant à Lutte ouvrière, puis à la Ligue communiste révolutionnaire et Ras l'Front dans Rouge c'est la vie, où il disait de lui :

« J'écris des romans noirs. Des intrigues où la haine, le désespoir se taillent la part du lion et n'en finissent plus de broyer de pauvres personnages auxquels je n'accorde aucune chance de salut. Chacun s'amuse comme il peut. »

Il meurt d'un arrêt cardiaque le 9 août 2009. Lors de ses obsèques, un certain nombre d'anciens militants de la LC/LCR sont présents dont Romain Goupil.

Dans ses derniers écrits, Jours tranquilles à Belleville puis dans Ils sont votre épouvante et vous êtes leur crainte, Thierry Jonquet met en perspective ses engagements de jeunesse et la persistance de populations à l'avenir bouché. Dans sa jeunesse, son travail participait à essayer de dé-boucher cet avenir, désormais il peut seulement dénoncer, dans ses livres ou au commissariat.